Як структурний підрозділ університету кафедра обліку і оподаткування є провідною за значенням серед вищих навчальних закладів Причорномор'я.

Першим завідувачем кафедри був кандидат економічних наук, доцент Олександр Іванович Малишкін. Згодом за конкурсом на посаду завідувача кафедри обліку, аудиту та фінансів було обрано досвідченого фахівця з питань обліку і контролю в підприємствах агропромислового комплексу кандидата економічних наук, доцента Анатолія Сергійовича Пшениченка. Пізніше кафедру очолювали кандидат економічних наук, доцент М.І. Сорокіна та кандидат економічних наук, доцент Т.М. Крушинська.

З 2003 року завідувачем кафедри призначено відомого вченого, доктора економічних наук, професора, члена спеціалізованої вченої ради з захисту докторських дисертацій Володимира Дмитровича Пантелєєва.

З 2009 року кафедру очолює доктор економічних наук, професор Марина Вікторівна Дубініна.

1 жовтня 2014 року було об’єднано дві кафедри, а саме:

- кафедру аналізу і економічної безпеки Миколаївського національного аграрного університету. Завідувачем кафедрою була кандидат економічних наук, доцент Віра Павлівна Клочан. Клочан В.П нагороджена Знаком «Відмінник аграрної освіти та науки України» (III ступеня) і трудової відзнакою «Знак пошани», за багаторічну плідну працю, високий професіоналізм, вагомий особистий внесок у розвиток аграрної освіти і науки, підготовку висококваліфікованих спеціалістів для сільського господарства присвоєно звання заслужений працівник освіти України;

- кафедру обліку і аудиту Миколаївського національного аграрного університету.

Вченою радою МНАУ було ухвалено рішення перейменувати з 01 вересня 2016 року на обліково-фінансовому факультеті кафедру обліку і аудиту в кафедру обліку і оподаткування.

На кафедрі сумлінно працюють: доктори економічних наук, професори М. В. Дубініна, Н. В. Потриваєва, О. М. Вишневська, В. М. Яценко, Л. В. Гуцаленко, І. В. Ксьонжик, кандидати економічних наук, доценти В. П. Клочан, Н. В. Лагодієнко, В. В. Кузьома, Л.А. Козаченко, Ю. Ю. Чебан, С. В. Сирцева, кандидат економічних наук, старші викладачі А. Г. Костирко, Н. В. Бобровська, старший викладач В. В. Галкін, кандидат економічних наук, асистенти О. І. Лугова, Т. С. Пісоченко, завідувач кабінету С. О. Горбач, старший лаборант О. В. Агафонова, лаборант Т.О. Горбач.